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기업의 합병 전후 영업활동은 연속 영업활동으로 간주하고 세무처리를 진행해야 한다. 합병후 기업이 유관법률규정에 따라 외상투자기업인 경우에는 다음 규정에 따라 세무처리한다.

1.자산가치평가 처리
합병 후 기업의 자산, 부채 및 자본(股东权益或所有者权益)은 합병전 기업의 장부상 역사적원가에 따라 계산하여야 하며 합병을 실현하기 위하여 유관자산 등 항목에 대하여 진행한 평가가치로 그 원래 장부가치를 조정하지 못한다. 합병후 기업이 회계손익 계산 중 평가가치로 유관자산의 장부가치를 조정하고 이에 따라 감가상각하거나 분할상계했을 경우 기업소득세 신고연도의 과세소득을 계산할 때 하기 방법 중 하나로 조정한다.
1) 실제에 따라 연도별 조정: 자산가치 변동으로 인하여 매 납세연도에 감가상각, 분할상계 후 과다 혹은 과소 계산된 당기의 원가와 비용액을 연도납세신고 원가, 비용에서 조정하는 방식으로 당기 과세소득을 증가 또는 감소시킨다.
2) 종합조정: 자산가치 변동을 자산항목별로 구분하지 않고 10년간 평균하여 연도납세신고 원가, 비용에서 조정하는 방식으로 매 납세연도의 과세소득을 증가 또는 감소시킨다
기업은 상기의 조정방법 중 하나를 선택한 다음 주관세무기관에 신청 보고하여 비준을 받아야 하며, 연도납세신고시 관련 계산자료를 주관세무기관에 제출하여 심사를 받아야 한다.
합병후 회사의 합병당시 대차대조표는 합병회사와 피합병회사의 합병전 대차대조표의 자산, 부채 및 자본항목을 단순합산하는 방식으로 산정된다. 따라서 합병과정에서 영업권이나 합병차익은 발생하지 않는다.
아래 사례에서 합병후 회사의 합병당시 대차대조표는 (1)이 되며, Due Diligence 결과 확인된 부실채권, 부실재고, 우발채무, 부채성충당금 등은 합병 후 정상적인 결산 혹은 회계감사과정 등에서 반영해야 하는 것이다.

2. 정기감면세우대 처리
합병 후 기업의 생산경영업무가 세법에서 규정한 정기감면세 우대적용범위에 부합할 경우 합병전 기업의 세수대우를 승계한다.
1)합병전 각 기업이 향유하던 정기감면세기한이 만료된 경우 합병후 기업은 계속 향유하지 못한다.
2)합병전 각 기업이 향유하던 정기감면세기한이 만료되지 않았고 각 기업의 남은 기한이 같을 경우 합병후 기업은 기한만료시점까지 계속 우대를 받는다.
3)합병전 각 기업의 남은 정기감면세기한이 다르거나 그 중 정기감면세 우대범위에 부합되지 않는 기업이 있을 경우 합병후 기업은 상응하는 과세소득을 구분계산하여야 한다. 정기감면세기한이 남은 업무의 과세소득은 각각 기한만료까지 우대조치를 향유하며, 세수우대범위에 부합하지 않는 업무의 과세소득은 우대조치를 향유하지 못한다.